5x14 48 Hours (48 óra) című részben Simmons ezredes kíséretében érkezett a Csillagkapu Parancsnokságba, hogy segítsen a féregjárat összeomlása miatt a kapu memóriájában tárolt Teal’c megmentésére. Tudása megközelítette Samét, de a férfit Sam eleve megmenthetetlennek tartotta. Végül Hammond tábornok elintézte, hogy Szibériába helyezzék a katonaság szolgálatában álló civil tudóst.

6x01 Redemption I. (Megváltás I.) című epizódban újra feltűnt, mikor probléma akadt a csillagkapuval. Itt megismerkedett Jonasszal, akivel együtt az X302 naquadria alapú hipertérablak-nyítóján problémáztak. Véleménye szerint elég valószínű lett volna az az eset, miszerint a hipertérből egyszercsak kipottyantak volna az univerzum egyik ismeretlen sarkában, ahol nem lett volna elég üzemanyaguk a visszatérésre.

6x02 Redemption II. (Megváltás II.) című epizódban Egy megoldást dolgozott ki, a kapu bezárására, mely szerint elektromágneses pulzussal próbálta visszataszítani Anúbisz jeleit. A kísérlet sikertelen volt és az írisz bezárásakor Sam is megsérült, ami megijesztette a tudóst. A kísérlet miatt a kapu felrobbanásáig hátramaradó idő megfeleződött. Samnek elmesélte az írányítóteremben érzett félelmét és irígységét, közben pedig picit megpróbált bevágódni nála, ami kevés sikerrel járt. Elmesélte, hogy kiskorában zongorista akart lenni, a zene volt számára a menedékhely. Sammel együtt tovább törte a fejét egy megoldáson, ami megmenthetné a Földet. Jonas ötletét felhasználva végül a kaput kivitték a Cheyenne-hegységből és az X302-re rögzítették. A repülés során problémák léptek fel, nem tudták elegendő messzire elvinni a kaput és az üzemanyag is elfogyott. McKay azt javasolta, hogy O'Neill egy zuhanást hajtson végre az X302-vel, hogy így valamelyest az óceán mélyében robbanjon csak a kapu, ezzel a robbanást fékezve. Végül O'Neill ötletét követve Carter és McKay egy rövid programot írtak, mellyel egy instabil hipertérablakon is képes lett átmenni az X302, s így egy másodperc alatt 3 millió mérföldnyire került a Földtől. Az epizód végére McKay és Sam kicsit közelebb kerültek egymáshoz, mint korábban voltak, Samtől egy puszit is kapott.

8x20 Moebius II. (Moebius II.) című epizódban a puddler jumper üzembehelyezésében vett részt a Csillagkapu Parancsnokságon, amelyet megint Gateship-1-nek nevezett el.

A1x01 Rising I. (Felemelkedés I.) című epizódban az Ős eszközöket akarta ötvözni a földi technológiákkal, ám ez nem sikerült neki. Éppen ezért Carsont akarta rávenni, hogy üljön bele az Ős vezérlőszékbe és új információkat szerezzen, de a doktor hevesen ellenkezett, majd elviharzott. Ennek a szemtanúja lett Dr. Weir, akinek elemsélte, hogy milyen kevés ember tudja ezt a tárgyat vezérelni és hogy még csak meg sem próbálta komolyan a barátja. Weir a székkel kapcsolatos érzéseiről beszélt illetve ráérzett, hogy McKayt mennyire bántja, hogy ő nem Ős-génhordozó. A férfi ugyanis már kétszer kipróbálta a széket, de nem történt semmi. Később Daniel Jackson magával...