7x20 Inauguration (Beiktatás) című epizódban Francis Maynard tábornok beavatta Hayes elnököt a Csillagkapu Programba. Az elnök eleinte tréfának vélte, hogy a légierő már 7 éve csapatokat küld idegen bolygókra, ám Francis nem viccelt. Hayes elnök nagy élvezettel olvasgatta a küldetési beszámolókat, de annyira fantasztikusnak tűnt minden a számára, hogy csak nehezen tudta elképzelni, mekkora munkát végeznek a Csillagkapu Programban résztvevő személyek. Kinsey, aki alelnök lett, azt remélte, hogy végre elérkezett az ideje és leváltathatja a CSKP vezetését és a saját, N.I.D.-s embereit teheti az élre. Ennek szükségességéről Woolsey segítségével megpróbálta meggyőzni az elnököt, ám az elnök eleinte Hammond oldalán állt. Francis az elnök kérésére volt jelen ezeken a beszámolókon, ahol védte a Csillagkapu Program jelenlegi résztvevőit. Az elnök viszont elgondolkodott Kinsey azon potnján, hogy a csillagkaput egyszer nyilvánosságra kell hozni, s ha most megtisztítja a sorokat a CSKP-n, akkor ezzel jelzi, hogy az irányítása alatt áll minden. Francis ugyan rábólintott erre az érvre, de beszámolt az elnöknek a jelen fejleményeiről, Anúbiszról, aki bármikor megtámadhatja a Földet és a CSK-1 törekvéséről, mely során megpróbálják megtalálni az Ősök elveszett városát, ahol egy Anúbisz ellen használható fegyvert remélnek találni. Ennek véghezvitele érdekében kérte meg Francis Hayes elnököt, hogy mivel előbbi sürgősebb, ezért még ne cseréljen le senkit a CSKP-n. Woolsey Kinsey fenyegető kijelentése után kételkedni kezdett abban, hogy a jó oldalt választotta e. Titokban találkozott Francisszel, ahol beszámolt neki Kinsey tervéről, miszerint lehetséges, hogy gyilkosságtól sem riad vissza céljának elérése érdekében. Francis felszólította, hogy mivel Woolsey benne van az N.I.D.-ben, ezért keressen bizonyítékot kijelentésére.

7x22 Lost City II. (Az elveszett város II.) című epizódban az elnökkel, John P. Jumper és Hammond tábornokokkal, valamint Kinsey elnökhelyettessel és a nemzetbiztonsági tanácsadóval együtt követte figyelemmel a Fehér Házban, az elnök szobájában Anúbisz támadását.