1x01 Children Of The Gods (Istenek gyermekei) című részben ő kereste fel O’Neill ezredest, mint Hammond tábornok segédtisztje, hogy parancsára a Csillagkapu Parancsnokságra vezesse. Érezhetően nem volt oda a Csillagkapu Programért és Jackkel is több apróbb összetűzése akadt az ezredes cinikus viselkedése miatt. A bázison maradt a chulaki küldetés alatt és árgus szemekkel figyelte, hogy visszatér-e a CSK-1 és CSK-2. Nagyon bízott benne, hogy nem, mert ez jó indok lett volna az egész program bezárására. Hammond tábornok is észrevette ezt és később áthelyeztette maga mellől.

1x20 Politics (Politika) című részben immáron alezredesként visszatért a Cheyenne-hegységbe, hogy beszámoljon Kinsey szenátor látogatásáról, akit számos dologról félreinformált és akinek telebeszélte a fejét. Betekintést adott neki a Csillagkapu Program aktáiba is, köztük O’Neill ezredes számos küldetésjelentésébe is. A szenátort egyébként se kellett nagyon győzködnie, hogy a drága vállakozás ráadásul még veszélyes is. Samuels végül elérte a célját és a bázist az aggasztó idegen fenyegetés hírének ellenére lezárták.

2x01 The Serpent's Lair (Kígyófészek) című részben elnöki felhatalmazással diadalittasan tért vissza a Csillagkapu Parancsnokságba, ahol átvette az írányítást. A naprendszerben felbukkanó két idegen objektum ellen módosított robbanófejű rakétákat akart bevetni annak ellenére, hogy a sokkgránát felvillanását és ezzel a CSK-1 szabotázsakcióját felismerték Klorel hajóján. Hammond tábornok nem tudta meggyőzni, hogy lehet Jackék is el tudják intézni a várakozó hajókat. Samuels végül a támadás mellett döntött függetlenül attól, hogy él-e a CSK-1. A fegyverek ártalmatlanul robbantak fel a hajók pajzsain. Samuels ezek után vesztét érezve az egyik Alfa bázisra tartó csapatba kérte magát, de Hammond tábornok kijelentette, hogy oda csak kiváló emberek mehetnek, tovább arra szólította fel, hogy a bázist védje az utolsó pillanatig.