A Csillagkapu: Atlantisz harmadik évada a végéhez közeledik, így egyre több információ jelenik meg a First Strike című évadzáró részről. Figyelem! Az alábbiakban nagyon erős spoilerek következnek!

Az Apollo nevű földi űrhajó új információkkal érkezik Atlantiszra: a Pegazus-replikátorok flottát kezdtek el építeni, hogy közvetlenül megtámadják a Földet. A hajó parancsoka, Abe Ellis ezredes az expedíció segítségével atombombákkal elpusztítja az ellenség erőit. Mivel azt hiszik, hogy elmúlt a közelgő veszély, hőseink megdöbbennek, mikor egy idegen műhold megjelenik Atlantisz bolygója fölött, fedélzetén egy Csillagkapuval.

Dr. McKay nem képes elpusztítani ezt az új Csillagkaput, mielőtt az kinyílik, és egy nagyon erős energiasugárral elkezdi bombázni a város pajzsát. Abban a reményben, hogy így csökkenthetik a sugárnyaláb erősségét, az expedíció víz alá süllyeszti a várost, azonban a terv nem válik be. Csupán idő kérdése és a pajzs összeomlik.

A közeli aktív Csillagkapu miatt nem tudnak eltárcsázni Atlantiszról, így az egyetlen reményük egy aszteroida, amely stratégiai fedezéket nyújthat a városnak, amíg az elrepülhet a hiperűrön keresztül a pajzs összeomlása előtt. Amikor azonban az aszteroida szétesik és a sugárnyaláb újra eléri őket, nem tűnik valószínűnek, hogy Atlantisz egy darabban fel tud szállni a felszínről...