A Stargate: Atlantis idén visszatért az Emmy-díj jelöltjei közé, mégpedig a Kiemelkedő Sorozatbeli Zene (Drámai Aláfestés) kategóriában.

A második évadbeli Grace Under Pressure fog versenyezni a Showtime csatorna Masters of Horror című sorozata, az HBO Rome sorozata, a WB Supernatural sorozata és a Fox 24 sorozata ellen.

Az Atlantis főtémáját (Joel Goldsmith alkotását) 2005-ben jelölték a díjra, de nem sikerült megszerezni.

Az Atlantis Sci-Fi Channeles partnere, a Battlestar Galactica három jelölést szerzett a Primetime Emmy-díjra, azonban a főbb kategóriákból kizárták.

A Galactica jelölései: Kiemelkedő Egykamrás Hangkeverés (Scattered), Kiemelkedő Sorozatbeli Jelmezek (Lay Down You Burdens II), és a hagyományosan sci-fi-barát Kiemelkedő Sorozatbeli Vizuális Effektusok (Resurrection Ship II).

Bár a három jelölés is kiváló, a sci-fi-rajongóknak ez nagy csalódást jelent, mivel sokuk szerint a Battlestar Galactica-nak volt a legnagyobb esélye arra az összes TV-sorozat közül, hogy egy nagyobb díjat elvihessen, például a Kiemelkedő Főszereplő (Edward James Olmos - Adama parancsnok), Kiemelkedő Főszereplőnő (Mary McDonnell - Roslin elnök), és legfőképpen a Kiemelkedő Drámai Sorozat díját.