Új információk láttak napvilágot a Stargate Atlantis harmadik évadjával kapcsolatban. Figyelem! Az alábbiakban spoilerek következnek! Csak akkor olvass tovább, ha igazán tudni szeretnéd, hogy mi fog történni!

- Az évad második részének a címe: The Begotten ("Az egyszülött"), amelyben Beckett doktor komoly bajba kerül.

- Janus (az időgép építője az első évad Before I Sleep című részében) nem fog szerepelni a harmadik évadban.

- Elképzelhető, hogy az egyik rész egy átlagos atlantiszi napot fog megjeleníteni. Tehát nem lenne semmilyen lidérc, vagy Genii krízishelyzet, csak a napi rutinproblémák.

- Az alkotóknak van néhány athosiaiakkal foglalkozó ötlete.

- A Grace Under Pressure című részben bebizonyosodott, hogy az Ugrók képesek víz alatt közlekedni. Ennek fényében lehetséges, hogy a harmadik évadban víz alatti Csillagkapuk is szerepelni fognak.

- A Grace Under Pressure bálnája esetleg újra szerepelhet. Joseph Mallozzi producer szerint erre neki több esélye van, mint Janus-nak.

- Az első, majd a második évadra tervezett Human Error című rész valószínűleg nem kerül bele a harmadikba sem.

- Olümposz, Lemuria, El Dorado, Xanadu, Shangri-La: ezek mind elveszett városok, és közülük kettőnek a szereplését fontolgatják a készítők, csak a megfelelő történetet kell megtalálniuk hozzájuk.

/bár nem teljesen Stargate Atlantis/
- Elképzelhető, hogy a Nox repülő város és Atlantisz testvérvárosok, vagy csupán ugyanazon a technológián alapulnak (minden bizonnyal Ős technológián).