Joseph Mallozzi, a Stargate: Atlantis egyik producere blogjában felfedte néhány harmadik évadbeli epizód címét. Figyelem! Az alábbiakban spoilerek következnek! Csak akkor olvass tovább, ha igazán tudni szeretnéd, hogy mi fog történni!

Az évad a No Man`s Land ("Senkiföldje") résszel nyit majd, amely folytatja az Allies történetét, sok akcióval és cselszövéssel. A második epizód címéről az alkotók még nem egyeztek meg, de a jelöltek a következők: Remnants ("Maradványok"), Executive Decision ("Végrehajtandó döntés"), valamint Grapes of Wraith ("Lidércek kórjai").

Robert C. Cooper végzett a Sateda című rész forgatókönyvével (Sateda a neve Ronon Dex anyabolygójának), amelyben lesz egy nem túl boldog viszontlátás, néhány nagyon vicces párbeszéd, valamint egy-két karakterépítő pillanat, miközben Dex múltja visszatér, hogy kísértse őt.

A Delicious Fat Guy-on Brad Wright lázasan dolgozik, a rész címe viszont biztosan meg fog változni. A Martin Gero által kitalált  McKay`s Sister munkacímű epizód pedig sorrendben a hatodik lesz az évadban.

Carl Binder bejezte annak a duplarésznek az írását, amelyben meg fogunk ismerkedni az Atlantisz-expedíció új ellenségével, az első évadbeli Hot Zone nanovírusának megalkotóival. Az első epizód a Progeny ("Leszármazott") címet viseli, és amellett, hogy bemutatja az ellenfelet, némileg rávilágít a Pegazus-galaxis korábbi lakóinak életére. Az ezt követő The Real World egy komolyan félelmetes résznek ígérkezik, amelyben Dr. Weir rendkívül nehéz helyzetbe kerül.