A Stargate-Project oldalán megjelentek az első információk a Stargate Atlantis 2. évadi Critical Mass című epizódjáról, melyek a The Siege III. című epizódról (a 2. évad évadnyitó részéről) is részleteket árulnak el. Figyelem! A továbbiakban komoly spoiler következik! Csak akkor olvass tovább, ha biztosan tudni akarod előre, mi történik majd!

A Deadalussal hozott ZPM-nek köszönhetően heti ritmusban fel tudják majd tárcsázni Altantisról a Földet. Ezen kívül a Daedalus állandóan a Föld és Atlantis között ingázik, embereket, élelmet és felszerelést szállítva. Dr. Alison Seagle a legutolsó ilyen űrutazással került Atlantisra, ahol McKaynek segédkezik a kutatási munkáiban. McKay és Sheppard alezredes (tehát rangbeli kitüntetésben fog valamikor a 2. évadban részesülni) mindkettten Dr. Seagle-nek udvarolnak. McKaynek ez nem tetszik, s ezért megmondja Sheppardnak, hogy kedveli Dr. Seagle-t, ám ez nem tartja vissza Sheppardot a további udvarlástól.

Néhány nappal később hirtelen kettő Wraith kaptár jelenik meg a város nagytávolsági figyelőberendezésein, s már csak egy nap kell ahhoz, hogy a hajók elérjék Atlantist. A The Siege III. című epizódban egy óriási asgardi álcázóberendezés segítségével a Wraith-szel azt hitették el, hogy Atlantis eltűnt. Viszont most egy jeladó berendezés került Atlantisra, ami a Wraithnek hírt adott arról, hogy hol találják meg Atlantist. McKay és Sheppard szabotálásra gyanakszanak, ám McKaynek előbb még az álcázóberendezéssel kell törődnie, hisz ha véletlenül megpillantaná a Wraith Atlantist, akkor újabb támadások érnék a várost.

Mindezalatt vizsgálatok indulnak, s Sheppard Dr. Seagle-re kezd gyanakodni. McKay először nem érti Sheppard gyanúját, de az idő teltével ő is gyanakodni kezd Dr. Seagle-re. Közben a Wraith kaptárok megérkeznek Atlantis bolygójához, s McKay bekapcsolja az álcázást. Viszont valami nem működik megfelelően, és a tehetetlenségi tompítók egyre több energiát vesznek fel, ami a várost a legrosszabb esetben elárulhatná.

A szabotáló egy kóddal blokkolta a számítógépet, ami miatt az atlantisi csapat képtelen a változtatásokat visszavonni. Szerencsére nem sokkal később megtalálják a szabotálót. Ronon, Dr. Weir és Caldwell ezredes azon tanakodnak, hogy hogyan szedjék ki a szabotálóból a szükséges kódot.