Joseph Mallozzi író és producer új epizódcímeket hozott nyilvánosságra a Stargate Atlantis második évadjából a GateWorld fórumán.

Az évad a Siege harmadik részével fog nyitni, és sok változást hoz majd mind a karkaterek, mind a bázis szintjén: új arcokat, új dinamizmust és... egy betolakodót. A Siege III-at az Intruder ("Betolakodó") című rész követi, ami után a Runnert adják majd le harmadik részként. A Siege III-at Martin Gero írta és Martin Wood rendezi.

További várható epizódcímek: Aurora ("Hajnal") Carl Binder tollából, Duet ("Duett") Martin Gero-éből, és Trinity ("Háromság") Damian Kindleréből.