Megjelentek az első információk az Atlantis "The Brotherhood" és "The Siege" című epizódjaival kapcsolatban. Figyelem! A továbbiakban komoly spoilerek következnek! Csak akkor olvass tovább, ha biztosan tudni akarod előre, mi történik majd!


A "The Brotherhood" című részben a csapat a Dagan nevű bolygóra látogat, ahol találkoznak a barátságosnak tűnő daganiakkal. Egy Allina nevű nőnek nagyon tetszik Dr McKay. Rodneynak azonban ez egészen addig nem tűnik fel, amíg csapattársai fel nem hívják rá a figyelmét. A csapat egy legendás tárgy után kutat, amit a dagainiak "Potentia"nak hívnak, s ami nem más, mint egy ZPM, ami energiával láthatná el Atlantis rendszereit, így a pajzsot is, ami megvédhetné Atlantist egy esetleges Wraith támadástól. Alliana el van ragadtatva a hírtől, hogy az emberek az Ősök városából érkeztek. Ám mi az a "Brotherhood", amiről a daganiak beszélnek? És honnan ismerik a Genii-t, akik a földiek ellenségévé váltak (az "Underground" című részben)?


Az epizódot Martin Gero írta, s 2005 elején vetíti majd a SciFi Channel.


A "The Siege" című epizód lehet az Atlantis első évadját záró rész, egyben egy kétrészes epizód első fele.
Az Atlantis bázisnak sikerül kapcsolatba lépnie a Földdel, és kiderül, hogy Egyiptomban találtak egy ZPM-et, amelynek segítségével a Földről féregjárat nyitható a Pegazus galaxisba. Ez éppen idejében történik, mivel három Wraith hajó is a védtelen város felé tart.

Az Atlantis csapata részletes információkat küld a Földre a városról, és a talált techinikáról. Hammond tábornok parancsot ad egy katonai csapatnak, hogy a Csillagkapun átkelve erősítse meg a város védelmét. A csapatot Matthew Evererr ezredes vezeti, egy 40 éves tengerészgyalogos, aki azt a parancsot kapta Hammondtól, hogy vegye át a város vezetését Dr Weirtől és csapatától. Everett ezredes parancsot ad Dr Weirnek, hogy állítsa le az önmegsemmisítést, amelyet azért indítottak el, hogy a város ne juthasson a Wraith kezére. Az expedíció tagjait, akik egy a Pegazus galaxis beli Alfa bázisra távoztak, visszahívják Atlantisba. Sheppardnézi a ténykeat, de Everett terve egyértelmű. A Föld új csatahajója, a Daedalus már úton van. A ZPM segítségével alig négy napon belül meg kell érkeznie.
Közben Dr Weir, Everett parancsainak ellenszegülve kezébe veszi az irányítást, hogy megvédje a bázist és az embereit.

A részt Joseph Mallozzi és Paul Mullie írta, s Martin Wood rendezi majd.