[A címek nagyrészt csupán munkacímek.]

#1 és #2: A nagyszabású, évadnyitó duplarész ott folytatta volna Atlantisz történetét, ahol a 100. epizóddal, az 5x20 Enemy at the Gate-tel abbamaradt. Vagyis folytatta volna? Nem egészen, mert ebből a két epizódötletből nőtt ki az a 2 órás TV-film, amely 2009. végén debütál a SciFi csatornán. Az egyetlen különbség a mostani és az eredeti tervek között az, hogy a történetet így nagyobb szabású keretek között, óriási vizuális effektekkel és karakterpillanatokkal telítve tudják elmesélni.

#3 "A kukorica gyermekei/Fantasztikus Négyes": Az ötletet Mallozzi vetette fel az 5. évad előkészületei alatt. A csapat a Daedalus-szal felfedez egy látszólag elhagyatott hajót, azonban a fedélzeten néhány gyermeket találnak sztázisban. Felélesztik a gyerekeket, akik elmagyarázzák, hogy egy bolygóra igyekeztek a szüleikhez, akik ott az új gyarmatosítók. A csapat vállalja, hogy odaszállítják őket, amikor egy rejtélyes űrhajó megjelenik és tüzet nyit a Daedalus-ra. Hőseink megpróbálják lerázni üldözőiket, azonban az út során kiderül, hogy fiatal védenceik talán nem is olyan ártatlanok és ártalmatlanok, mint amilyennek tűnnek...

#4 "Carl Replikátor-története": Carl Binder [író] kétfajta történetet kedvel igazán: szellemeket és Replikátorokat (többek között lásd: Progeny, The Real World, Phantoms, Echoes, Lifeline, Ghost in the Machine), szóval Mallozziék úgy gondolták, hogy az évadközi szünet után Carl visszatérne egy ilyen forgatókönyvvel. A munkacím így lehetne "Car szellemtörténete" is.

#5 "Klasszikus Atlantisz": Martin Gero [író] akart egy olyan epizódot írni, ami az Atlantisz korai éveiben játszódott volna, egyfajta visszaemlékezés-kalandot (nagyjából úgy, ahogy korábban Rob Cooper képzelte az "Elveszett CSK-1 epizóddal", amely ugyancsak nem valósult meg). Mivel Torri Higginson az 5. évadban már nem akart visszatérni, hogy folytassa Elizabeth Weir alakítását az 5x05 Ghost in the Machine-ben (és az egész történetnek az volt az értelme, hogy régi arcokat láttunk volna), valamint mivel Paul Mullie [producer]  vonakodott egy olyan flashback-résszel szemben,amely azt a kérdést veti fel, hogy "Miért nem láttuk mi ezt már az 1. évadban?", az ötletet elrakták.

#6 "Carter-es Rashomon": Ez az epizód nem került bele a 4. évadba, és az 5. évadban már nem Carter volt a bázisparancsnok. Az epizód eredetileg Kurosawa filmjére utalt volna volna vissza [Rashomon]. Carter ezredes katonai bíróságra kerül, és elbocsátás fenyegeti, mivel parancsnoksága alatt egy idegen bolygó felderítése szerencsétlen fordulatot vett. A nyomozás során három különböző visszaemlékezést láthattunk volna a vád alapjául szolgáló eseményekről. Mivel Woolsey lett Atlantisz vezetője, a rész egy potenciális 6. évadba került [ezúttal gyaníthatóan Woolsey-ra, vagy Sheppard-re koncentrálva].

#7 "A Red Shirt-ek [pirosruhások] naplója": Carl Binder akart egy olyan részt, amelyben egy Red Shirt szemszögéből láttuk volna az eseményeket, akik az epizódok többségében névtelen áldozatok a különböző küldetéseken. Carl epizódjában az egyik ilyen karakterről kiderül, hogy nem is annyira Red Shirt, mivel nem hal meg, hanem csak elfogják, így Sheppard és csapata szerveznek számára egy mentőakciót.

#8 "Sheppard D.O.A.": Mint az Edmond O`Brien-filmben, ebben a részben Sheppard-öt megmérgezték volna, így az alezredesnek véges idő alatt, még a halála előtt ki kellett volna derítenie ki tette ezt vele. Azonban az 5. évadban már készítettek egy olyan részt (5x06 The Shrine), amelyben az egyik karakter beteg lesz véges idővel, és az eredeti D.O.A. azért volt olyan jó film, mert a hősre biztos halál várt, a reményt nem a gyógyszer jelentette, hanem az igazság.

#9 "A leváltás": Brad Wright [producer] állt elő egy olyan résszel, amelyben csapat egy idegen fajjal találkozik, és a kialakuló üldözés során egy szerencsétlen időhatás 6 hónappal a jövőbe löki őket. Visszatérnek Atlantiszra, de kiderül, hogy halottnak nyilvánították és leváltották őket új emberekre. Ahogy megpróbálnak visszailleszkedni (és együtt dolgozni a pótembereikkel), az idegen faj, amely a bolygón üldözte őket, látogatást tesz Atlantiszon...

#10 és #11: Az évadközepi duplarészre Mallozzi-ék minden bizonnyal az egyik (vagy több) főszálra koncentráltak volna. Atlantisz bennreked egy téridő kapszulában, amely elvágja őket a Földtől? Egy rejtélyes, idegen fajjal szövetkezve a lidércek újra azzá a fenyegetéssé kezdenek emelkedni, mint a sorozat elején? Mikor az Atlantisz-expedíció jól kitervelt támadások áldozatává válik, kiderül, hogy egy korábbi barátjuk bosszújáról van szó? Még Mallozzi-ék sem tudják. Akármi lett volna a nagy évadszál, itt került volna elő.

#12 "Hörcsögketrec": Néha egy epizódötlet szinte készen jut a készítők eszébe, máskor azonban csupán egy látomásként. Ebben az esetben a látomás szerint a csapat tagjai egy-egy elkülönített kamrába kerülnek. Hogy ki rakta őket oda? Hogyan fognak kijutni? És (ami a legfontosabb), mi történik egyáltalán ebben a részben? Alan McCullough [író] tudja csupán.

#13 "Tegnap, Ma és Holnap": McKay kísérletei egy időutazásra képes Pocsolyaugróval oda vezetnek, hogy a csapat ide-oda ugrál az időben.A történet először 5 évet ugrik a múltba (ahol a csapat egy verziója meg akarja szerezni az Ugrót, hogy helyrehozzák a károkat az idővonal módosítása nélkül), 5 évet a jövőbe (amikor a lidércek elfoglalják az Atlantiszt, és a csapat egy újabb verziója az Ugróval visszautazva a jelenbe figyelmeztetni akarják jelenbéli önmagukat), végül a jelenbe (rendes csapat), és ezek az idővonalak állandóan módosítják egymást. Mallozzi ugyan aprólékosan kidolgozta a történetet, azonban a többi író néhol túl bonyolultnak találta, így ez az ötlet is átcsúszott az akkor még lehetségesnek tűnő 6. évadra.

#14 "Megátkozva": Egy bolygó felderítése során Sheppard-öt megátkozza egy helyi boszorkány. Eleinte mindenki kineveti, de aztán az alezredest mindenhol igen rossz szerencse kezdi üldözni. A csapat válaszok után kutat és ezek a válaszok nem ígérnek túl biztató jövőt. A készítők végül polcra tették ezt az epizódot, mivel annak ellenére, hogy a humorra ment volna rá, Sheppard-öt komikus és nem túl hősies pozícióba rakta volna, ami nem tetszett Joe Flanigan-nek.

#15 "Entrópia": Paul Mullie egy olyan történetet akart, amelyben a McKay-Miller Kapuhíd [? - lehet, hogy itt Mallozzi inkább a McKay-Carter Kapuhídra gondolt] káros hatást gyakorol a városra. Végül készítettek egy olyan epizódot az 5x16 Brain Storm formájában, amelyben ez valamilyen formában (egy csapat tudóssal) megvalósult.

#16 "Bosszú": Egy bizonyos idegen faj bosszút áll Atlantiszon, mivel a csapat korábban keresztülhúzta a terveiket (visszautalás egy 5. évadbeli epizódra, amelyben a csapat keresztülhúzza ennek az idegen fajnak a számításait).

#17 "Visszavágó": Nem összetévesztendő a "Bosszú"-val. Egy bizonyos személy visszavág Atlantisznak, mivel a csapat korábban keresztülhúzta a terveit (visszautalás egy 5. évadbeli epizódra, amelyben a csapat keresztülhúzza ennek a személynek a számításait).

#18 "Fordulat 2": Nem volt "Fordulat 1", legalábbis a képernyőkön nem. Évekkel korábban a készítők megvettek egy külsős epizódötletet, ami ezt a címet viselte.

#19 "Majdnem-évadzáró": Ez az epizód készítette volna elő a terepet a nagy évadszál lezárásához, amely az évadközepi duplarészben bukkant volna fel.

#20 " Évadzáró": A vizuális effektekkel teletűzdelt évadzáró lezárja az évadszálat, persze cliffhanger-rel és az ígérettel, hogy a történet folytatódott volna egy 7. évadban vagy máshogy.



Ugyan az Atlantiszban már nem láthatjuk ezeket az epizódokat, közülük egy-kettő még valamilyen formában átemelődhet a Csillagkapu Univerzum sorozatba, mivel talán egy-két író (pl. reményei szerint Carl Binder) át fog igazolni az új generációs Csillagkapuba. Az Univerzum 1. évada 2009. nyarán kezdődik a SciFi csatornán.