Az évadközepi duplaepizód első fele, a First Contact szeptember 26-án fog lemenni a SciFi csatornán, utána október 3-án lesz egy szünet, és a második rész, a The Lost Tribe október 10-én kerül adásba. Október 3. valószínűleg azért marad ki, mert akkor kezdődik Amanda Tapping (Sam Carter ezredes) és Martin Wood rendező sorozata, a Sanctuary, amely utána alighanem az Atlantisszal párban fog menni.

Tehát az 5. évad gyakorlatilag (talán 1-2 epizódot leszámítva) még idén lemegy, utána pedig januárban folytatódik a Csillagközi Romboló 4. évada.

A bejelentés, hogy a SciFi megrendeli-e az Atlantisz 6. évadát, vagy esetleg inkább elkezdené a Csillagkapu Univerzum sorozatot (vagy egyiket sem), még várat magára.