5x01 Search and Rescue
Író: Martin Gero
Rendező: Andy Mikita
Miután a Teylát kereső csapat Michael bolygóján rekedt, Carter ezredes, Dr. Keller és Alicia Vega százados a megmentésükre indulnak, miközben Michael az űrből továbbra is figyeli az eseményeket.

5x02 The Seed
Író: Paul Mullie
Rendező: William Waring
Dr. Beckett-et kiveszik a sztázisból, mivel egy válsághelyzet az ő segítsége nélkül emberéleteket, köztük Dr. Kellerét fogja követelni. Mindeközben az expedíció élére nem más érkezik, mint Richard Woolsey.

5x03 Broken Ties
Író: Joseph Mallozzi
Rendező: Kenneth J. Girotti
Ronont foglyul ejtik a lidércek, hogy megtérítsék őt a hívőjüknek, és Sheppard alezredesék csupán az áruló Tyre segítségére számíthatnak, ha meg akarják menteni barátjuk testét és lelkét.

5x04 The Daedalus Variations
Író: Alan McCullough
Rendező: Andy Mikita
Sheppard csapata megtalálja az űrben sodrodó, elhagyatott Daedalus-t. A hajónapló utolsó bejegyzése egy bizonyos „Sobol” ezredestől származik, akiről azonban korábban senki sem hallott.

5x05 Ghost in the Machine
Író: Carl Binder
Rendező: Kenneth J. Girotti
A 4x11 eseményeit túlélő renegát Replikátorok rájönnek arra, hogy miképpen érhetik el a Felemelkedést. Azonban minden kísérletnek megvan a maga káros mellékhatása, és a renegátoké most Atlantiszt fenyegeti.

5x06 The Shrine
Író: Brad Wright
Rendező: Andy Mikita
McKay egyre kedvesebben viselkedik az expedíció tagjaival, akik ennek először örülnek, azonban kiderül, hogy ennek egy „második gyermekkor” nevű helyi betegség az oka, amely lassan felőrli McKay eszét és emlékeit.

5x07 Whispers
Író: Joseph Mallozzi
Rendező: William Waring
Sheppard, Beckett, és Vega csapata egy bolygón megtalálják Michael egyik laborját, benne 12 sztázisban fekvő, Iratus-ember hibriddel, és éjszaka rá kell jönniük, hogy a bolygó ezen kívül más szörnyűségeket is rejthet.

5x08 The Queen
Író: Alan McCullough
A Todd nevű lidérc egy szokatlan küldetésre hívja a csapatot: segítsenek neki lebonyolítani egy tárgyalást egy másik lidérc kaptárhajóval, méghozzá úgy, hogy Teylát lidérc királynővé alakítják át.

5x09 Tracker
Író: Carl Binder
McKay, Keller és Ronon egy lidércek által megszállt bolygóra mennek túlélőket keresni, mikor egy Üldözött elrabolja Kellert, és Rononnak, valamint McKay-nek egy csapdákkal teli erdő mélyére kell követniük őket.

5x10 First Contact (1. rész)
Író: Martin Gero
Dr. Daniel Jackson Atlantiszra megy, hogy az időutazó Ős, Janus munkáit tanulmányozza, ami nagyon irritálja McKay-t. Azonban a komikus helyzet a visszájára fordul, amikor a várost hirtelen célbaveszi egy új, pusztító ellenség.

5x11 The Lost Tribe (2. rész)
Író: Martin Gero
Todd az elrabolt Apolloval siet Janus bázisa felé, ahol Jackson és McKay szokatlan vendéglátója készül végleg leszámolni a lidércekkel. Sheppard és Zelenka az Utazók segítségével próbálják megmenteni barátaikat.

5x12 Inquisition
Író: Alex Levine

5x13 Outsiders
Író: Alan McCullough

5x14 Prodigal ("First Day", "Red Shirt Diaries")
Író: Alan McCullough

5x15 -
Író: Martin Gero
Rendező: Martin Gero

5x16 Remnants
Író: Joseph Mallozzi

5x19 "CSI: Atlantis"
Író: Robert C. Cooper
Rendező: Robert C. Cooper
Felfedeznek egy holttestet, és Sheppard kapja a nyomozás feladatát.

5x20 "századik epizód"
Író: Paul Mullie