Az 5. évad 2008. júliusában debütál az amerikai SciFi csatornán.

Korábban már említett változás, hogy Richard Woolsey (Robert Picardo) fogja átvenni az Atlantisz-expedíció irányítását, ami egy teljesen új vezetői stílust takar (Woolsey valószínűleg nem fog mindent megengedni Sheppard alezredesnek és csapatának, mint azt három évig Dr. Weir, majd Carter ezredes tette), azonban nem csupán ez az újdonság van a készítők tarsolyában.


Miután háborúban elpusztították az Ősöket, a lidércek voltak a domináns faj a Pegazus-galaxisban, és általában nem engedték egyik emberi társadalomnak sem, hogy fejlett technológiai szintet érjenek el. Azonban a földiek érkezése után a lidércek mind felébredtek évszázados álmukból, polgárháború tört ki köztük, majd a Pegazus-replikátorok és a Hoffan vírus pusztították őket erőteljesen.

Ugyan a replikátorokat a 4. évadban Atlantisz segítségével legyőzték, a lidérc polgárháború, valamint a vírus pusztítása tovább folytatódott, és ekkor érkezünk el az 5. évad eseményeihez, amelyben láthatjuk, hogy a lidércek ereje hogyan csökken tovább egy olyan szintre, amikor lassan a hatalmi vákuumból kiemelkedik a lidércmentes Pegazus-galaxis.

Ugyan a lidércek valószínűleg nem tűnnek el csupán egy év alatt, az eddig előlük rejtőzködő, technológiailag fejlett fajok már jövőre előlépnek a homályból, és kinyilvánítják létezésüket  a Pegazus-galaxis többi részének. Számíthatunk arra, hogy a földi expedíció mellett a Genii, valamint az Utazók lesznek a legerősebb játékosok, azonban az évadközepi duplarészben debütál egy teljesen új ellenség, amely igencsak felboríthatja a status quo-t.