6x04 Frozen (Jégbe fagyva) című epizódban Ayiana felolvasztása után egy vírus fertőzte meg O'Neillt, akit Ayiana már nem volt képes megmenteni. O'Neill ezután a Tok'ráktól kapott egy ajánlatot, miszerint egy szimbiontát ajánlanának fel neki, aki bizonyos idő után eltávozna O'Neillból, vagy feláldozná magát, amennyiben O'Neill nem akar vele együtt élni. O'Neil eleinte ellenkezett, de végül belegyezett. Thoran és a CSK-1 egy idegen bolygóra vitték ezután.

6x06 Abyss (A mélység) című epizódban O'Neillal való összeolvadás után Kanan hozzáfért O'Neill összes gondolatához, ami után Jack akarata ellenére cselekedett. Visszatért egy több hónappal azelőtti küldetésének helyszínére, Baal titkos erődjébe, ahol Baal Lo'taurját szerette volna megmenteni. Már-már a kapunál tartott Shalannel, mikor az egyik botfegyverből leadott lövés hátba találta. Ezután a földre rogyott, majd Kanan elhagyta testét. Baal kínozta Jacket, meg akarta tudni küldetésének célját, de O'Neill eleinte nem tudott semmit sem Kanan gondolataiból.