A1x01 Rising I. (Felemelkedés I.) című epizódban O'Neill tábornokot szállította helikopterrel a McMurdoch bázisról a pár hónapja felfedezett Ős helyőrségre, amikor egy robotrepülő célba vette őket. Pár kitérőmanővernek köszönhetően épségben letette a gépet. Beckett már megkönnyebülve mesélte az eseményeket a társainak, ám ekkor felelősségre vonta Sheppard őrnagy, akinek végül akaratlanul is elárulta a bázison folyt kutatásokat. A bázison a férfi gyanútlanul leült az Ős székbe és kiderült, hogy az eddig vizsgált emberek közül ő tudja leginkább írányítani. Dr.Weir beavatta a küldetésbe, melybe végül O'Neill tábornok is beleegyezett az afganisztáni szabálysértése ellenére. Sheppardnak nagy újdonságot jelentett, hogy egy másik galaxisba akarják vinni és végül a tábornok győzködése ellenére pénzfeldobással döntötte el, hogy beleegyezik. Induláskor izgatottan figyelte a nemzetközi tudóscsapatot és hamar szembetalálta magát Sumner ezredessel, aki nem nézte jószemmel a kétes múltú tiszt részvételét és megfenyegette a tárcsázás alatt. Végül Ford őrmesterrel együtt ment az előfutárok után és ő vezette át a többieket Atlantiszba O'Neill parancsára. Megcsodálta az új csillagkaput, majd felderítésre indult. A város szép lassan feléledt az érkezésükre. Dr. Weirrel együtt lementek Sumnerhöz, ahol a föléjük tornyosuló óceánt figyele. McKay is később megérkezett és ő ugyanerre jött rá. Ott volt az Ős-hologram felvételének lejátszásakor, illetve a város hosszútávú energiaellátásáról szóló vitánál. Felvetette, hogy el kellene látogatniuk egy helyi bolygóra ZPM után kutatva. Dr.Weir kérésére Sumner ezredes csapatával ment, amely további konfliktust okozott, mikor felvették a kapcsolatot az athosiaiakkal. Sheppard feltalálta magát és hamar dűlőre jutott a gyerekekkel és a felnőttekkel egyaránt. A város egyik vezetőjével, Teyla Emmagannal is hamar összebarátkozott, aki egy titkos barlangba vitte, ahol népe történetéről mesélt. Talált egy nyakláncot, amelyet odaadott Teylának. Visszafelé azonban a nő megérezte a Wraith érkezését, ezért sietni kezdtek. Az illúziók azonban teljesen megzavarták a férfi koncentrálóképességét és Teyla nélkül valószínűleg elveszett volna. Tapasztalatait továbbadta Sumnernek, aki ennek köszönhetően embereivel el tudott szedni egy Wraith Dárdát. A hódítók azonban bosszúból elteleportáltak egy csomó embert, köztük Teylát is. Jelzett Fordnak, hogy jegyezze meg az ellenfeleik világába vezető címet.

A1x02 Rising II. (Felemelkedés II.) című epizódban Sheppard a falu túlélőivel visszatért Atlantiszra, mely már az elsüllyedés határán állt. Jinto segítségével újabb címet akartak tárcsázni, de erre nem votl szükség, mert a város magától felemelkedett az óceán felszínére. John elmesélte a történteket és vakmerő mentőakcióra szánta el magát. Weir vonakodva egyezett bele Sheppard mentőakciójába is, mert el akart kerülni egy nagyobb fegyveres konflikus kialakulását, de a férfi meggyőzte, hogy a foglyok megtörése után ez úgy is bekövetkezne és hogy s...