05x02 The Seed

Miután Dr. Keller nem jelentkezik be a reggeli műszakjára, az aggódó csapattársak a keresésére indulnak. Sokkoló látvány tárul eléjük, amikor felkeresik Jennifer lakosztályát: Dr. Keller eszméletlenül fekszik a szobában, a testét pedig különös indák hálózata veszi körül. Feltételezvén, hogy Jennifer állapota kapcsolatban lehet azzal a kutatással, amit azon Lidérc adatokon végzett, melyeket Michael laborjából sikerült megszerezniük, a csapat elhatározza, hogy kiveszi Dr. Beckett-et a hibernátorból. Amíg Beckett az orvosi megoldást kutatja, Sheppard-öt és társait karantén alá vonják, feltételezvén, hogy ők is ugyanazon vírusnak voltak kitéve, amely Keller-t is megfertőzte. Ahogy Beckett igyekszik megoldást találni, az idegen organizmus egyre növekszik, kitör a szomszédos folyósókra is és a fő energia-elosztó felé növekszik tovább. Az idegen fenyegetés alá került Atlantiszon Woolsey olyan döntési helyzettel találja magát szembe, amely talán Keller életébe kerülhet.

05x03 Broken Ties

Egy bolygón végzett felderítés során Ronon-t megtámadják és jóval később egykori barátja, Tyre rabjaként eszmél fel újra. Az egykori satedai sok mindenen átment, mióta utójára találkoztak Ronon-nal. Miután cserbenhagyták a Lidércek, akiket szolgált, Tyre fizikai és pszichikai változásokon megy keresztül, annak a fordított táplálkozási folyamatnak köszönhetően, ami Lidérc imádóként számára engedélyezve volt. Tyre úgy hiszi, hogy azzal, hogy elviszi a Lidérceknek Ronon-t, módja lesz visszanyernie egykori mesterei megbecsülését. Hogy hívőjükké tegyék foglyukat, a Lidércek Ronon-on is megkezdik a fordított táplálkozási folyamatot: annyi életerőt szívnak el belőle, hogy a halál szélére sodródjon, majd pedig visszaállítják fiatalságát. Ezt újra, újra és újra megismétlik. Társuk keresése során a csapat egy elhagyott faluba jut, ahonnan Ronon és a Lidércek már rég továbbálltak ugyan, de találnak valamit, mely egykori jelenlétükre utal: a súlyosan sebesült Tyre nyomára bukkannak, aki az egyetlen reményük lehet, hogy megtalálják és megmentsék barátjukat.

05x04 Daedalus Variations

Amikor a Daedalus egy különös másolata megjelenik Atlantisz bolygója körüli pályán, a csapat elindul, hogy felderítse a hajót. Az elhagyatott és sérült hajó fedélzetén a csapat felfedez egy, a korábbi kapitánytól származó baljóslatú videó üzenetet. Mielőtt feleszmélnének, hogy mi folyik a Daedalus-on, a hajó átkerül egy alternatív valóságba. Amíg McKay megpróbál rájönni, hogy egész pontosan mi történik, a hajó tovább folytatja útját az alternatív valóságok között, miközben a csapatnak egy idegen hajóhaddal és egy növekvő csillag elviselhetetlen hőjével is szembe kell nézniük. A legrosszabb viszont az, hogy ha hamarosan nem találnak módot a saját valóságukba való visszatérésre, akkor akár örökre elveszhetnek a valóságok között.

Remnants

Megérkeztek az Atlantisz 5. évadának második felére tervezett epizód, a Joseph Mallozzi által írt „Remnants” előzetes információi is. Az epizódban többek között egy olyan karakter is visszatér, akit már régóta halottnak hiszünk.

A történet szerint John Sheppard-öt elrabolják. Amikor magához tér, Atlantisz új bolygójának szárazföldjén (ahol Atlantisz másfél évvel ezelőtt, a „Lifeline” során szállt le), egy erdőben találja magát. Kezei és lábai össze vannak kötözve, így Sheppard kénytelen elvonszolni magát egy éles sziklához, hogy így próbáljon megszabadulni a kötelektől.

A városban Richard Woolsey az expedíció egy új tagjára bukkan a transzporter szobában. Az ismeretlen Dr. Vanessa Conrad-ként mutatja be magát, olyan tudósként, aki csak nemrégiben érkezett a városba az Apollo fedélzetén. Woolsey-t gyorsan hatalmába keríti a nő, akinek mesél az Atlantiszon zajló közösségi programokról – a Yahtzee játszmákról, a filmvetítésekről, a sportolási lehetőségekről, stb. Hamarosan tegező viszonyba kerülnek, de egyértelmű, hogy a nő tartogat még meglepetéseket.

Eközben Sheppard ezredesnek sikerül kiszabadítania magát és visszatérnie az Ugrójához. Hamarosan arra is rájön, hogy ki kötözte meg: Acastus Kolya (Robert Davi), a korábbi Genii parancsnok és kínzómester, akit Sheppard-nek két évvel ezelőtt sikerült megölnie („Irresponsible”).

Atlantiszon Woolsey, McKay és a csapat többi tagja sokkoló felfedezést tesz: egy ősi fajt fedeznek fel, ezen új bolygó lakóit és azt, hogy mire is van szükségük az életbe maradáshoz...